吴征镒多次参加并领导植物资源重大考察，摸清了中国植物资源的基本家底，发表和参与发表植物新分类群1766个。他提出建立“自然保护区”和“野生种质资源库”的建议，为我国生物多样性保护和资源可持续利用作出贡献。 

　　吴征镒编著了《中国植物志》《云南植物志》《中国植被》等专著30余部，晚年仍在发表重要学术论著。吴征镒于2008年1月8日获得2007年度国家最高科学技术奖。