案发后，两地公安部门及时成立专案组，全力侦破案件。半年内，办案人员几乎走遍青海省内所有村落，多次远赴新疆等地调查，终于使多名枪杀索南达杰的嫌犯落网。目前还有3名嫌犯在逃。
玉树藏族自治州公安局刑警支队支队长李永前当年最早参与侦查索南达杰被害案，近18年来，他和同事们始终没有放弃。2008年，在江苏警方的配合下，一名逃亡14年的嫌犯落入法网。
今年5月26日，公安部部署“清网行动”后，索南达杰被害案的追逃工作引起青海省公安厅和玉树州委、州政府的高度重视。玉树州公安局拿出30万元奖励有功人员和单位，同时制定问责措施，监督“清网行动”各环节。
半年来，玉树州公安局副局长李志海十多次带队赶往海东地区化隆回族自治县，与当地警方联合行动。
化隆县群科镇群科村村民马虎(化名)因涉嫌枪杀索南达杰，被公安部门网上追逃，近18年没回家。两地民警5次上门劝说马虎亲属，最终说服在外地隐姓埋名、打零工的马虎投案自首。马虎随后协助警方成功劝说另两名犯罪嫌疑人投案自首。
