伴随粤港澳大湾区的建设和大湾区规划纲要的发布，粤港澳的教育合作掀起新的热潮。2018年12月，广州市政府、广州大学、香港科技大学在广州签署举办香港科技大学（广州）的合作协议。根据协议，广州市将在南沙提供1.13平方公里土地用于办学，并将给予建设、办学经费等各方面保障；香港科技大学以全校之力推动学校落户南沙开展合作办学。

　　据广东省教育厅透露，目前有一批港澳知名高校达成来粤办学意向，除香港科技大学（广州）外，香港城市大学、澳门科技大学、澳门城市大学、香港大学（医学院）、香港中文大学（医学院）落户大湾区内地正加快谋划和推进。

　　广东各高校学院层面的合作办学也层出不穷。广东工业大学粤港机器人学院依托本校师资和香港科技大学机器人研究所李泽湘团队、松山湖国际机器人产业基地知名企业工程师、国内外创业及金融投资企业人士而创办。这并不是一个实体学院，而是该校以跨学科交叉和校企联合培养为特色的创新人才培养模式。

　　同时，粤港澳三地高校合作成立了10余个大湾区高校联盟。其中，中山大学率先倡议，并与香港中文大学和澳门大学共同发起了粤港澳高校联盟，汇聚粤港澳三地28所高校，携手打造“粤港澳一小时学术圈”。这些高校联盟在完善大湾区内高等教育的学科布局、加强大湾区内高校开展基础研究和应用基础研究、推动科技成果转化和产业化、推进大湾区高校课程开放共享、教师专业交流、学生体育和艺术交流、学分互认等领域初见成效。

　　目前，广东省正积极探索新机制，高起点筹设大湾区大学、中山科技大学等高水平研究型大学，建设粤港澳大湾区教师教育学院，筹划碧桂园机器人学院等高水平应用型本科高校，探索建设国科大广州学院、中科院深圳理工大学。广东高校正积极招收港澳学生，目前经教育部备案可招收港澳学生的高校有54所。