在竞选总统期间，肯尼迪就多次在黑人大会上发表演讲，斥责南方实行的种族隔离制度，并承诺当选之后支持民权立法，采取更多的行政措施对付种族隔离制度。如果此时肯尼迪的这番表态还让人怀疑他是否为了争夺选票的话，那么，他在就职总统后的第二天即采取的行动，则令人无可争辩地确信他是美国历史上的第二个林肯！

　　这一天，肯尼迪向海岸警卫队指挥官打电话，询问他昨天在检阅部队时怎么未见一位黑人的身影。在第一次内阁会议上，他便要求每一位内阁成员检查一下他的部门任用黑人的情况。调查表明，国务院3674名官员中只有15名黑人；司法部950多名律师中只有10名黑人。于是他签署总统令，指示所有政府机构立即提交一份结束歧视性就业规定的计划。他自己身先士卒，不仅身边的特工随从人员和白宫的汽车司机中有了黑人，而且像副新闻秘书、住房建筑署署长等高级白宫官员也开始由黑人担任。这都是史无前例的。在此后的1000天里，黑人第一次被任命为驻外大使，第一次被任命为合众国的检察长，奉命担任联邦高级职务的黑人比历史上任何时期都要多。

　　肯尼迪还设立了就业机会均等委员会，它掌管了2000万人的就业岗位，一律向黑人开放。同时，它把政府订单只给予那些没有歧视黑人就业的公司，引导许多企业改变了它们歧视黑人的做法。美国各个职业介绍机构全部接到通知，要它们拒绝接受那些上面注有“只收白人”的招聘广告和合同；联邦各个雇员工会和娱乐团体也得到通知，要它们对实行种族歧视的组织都不予承认。

　　受肯尼迪 “人权并非来自政府施舍，而是上帝所赐”的就职演说鼓舞，黑人空军退役士兵梅雷迪斯在当天就向密西西比大学申请入学。但遭到了校方的拒绝。他毅然向法院起诉了校方，一级又一级的法院判决，都支持他入学。但校方和密西西比州的官员联合起来抗拒法院的命令。2500多个种族主义分子手持棍棒、砖头、瓶子、燃烧弹和枪支，焚烧大楼，砸烂桌椅板凳，并开着推土机在校园里横冲直撞。肯尼迪拿起了电话，命令州长调集警察去平息暴乱，州警察来了，但依然控制不了局面。肯尼迪于是命令近2万的军队开进小镇和校园，驱散了暴徒，约有200名肇事者被逮捕。第二天早上，梅雷迪斯由一群执法警官陪同，终于正式注册入学了。

　　1961年5月，一些白人和黑人大学生共同乘坐公共汽车穿越亚拉巴马州和密西西比州，以实际行动表明要废除旅馆、公共汽车站候车室和洗手间里的种族隔离制度。一路上，他们经常受到白人暴徒和三K党党徒的袭击，当地警察却对此视而不见。肯尼迪立即派遣600名联邦执法警察前去保护这些“自由乘车者”。

　　1963年6月11日，肯尼迪向国会送交了民权法案。内容主要有三：一是禁止在公共服务行业的场所实行种族歧视。二是授权司法部长在黑人学生或家长由于缺乏办法或担心报复而不去抵制公共教育中的种族歧视时，可以主动发起诉讼。三是授权联邦政府对任何实施种族歧视计划或工作，可以停止财政拨款。这项法案是战后美国政府提出的范围最为广泛的民权立法建议。

　　民意测验表明，美国白人多数赞同民权法案，但同时又认为肯尼迪走得太快了。肯尼迪不是不知道他的立场会对他马上到来的第二次竞选总统带来相当的不利。他曾向一位黑人领袖说：“这个争端可能使我落选，但我们决不回头。”或许他应该在第二次当选总统后的任期内，再着手这项最为艰难的工作。但良知提醒他，每推延一天，就不知会有多少黑人饱受凌辱；每推延一年，又不知会有多少黑人死于非命。歧视固然可怕，但比歧视更可怕的是对歧视现象的冷漠与容忍。因此他不断地呼吁：“是行动的时候了。”

　　1963年，在纪念林肯的第一次解放宣言100周年时，肯尼迪写道：“那个宣言仅仅迈开了第一步——不幸的是，宣言的作者没有能够活下去推进这一工作。”许多人把他的民权演说和民权法案称为“第二次解放宣言”，同样不幸的是，“宣言的作者没有能够活下去推进这一工作。”1963年11月22日，肯尼迪在美国极右势力的中心得克萨斯州的达拉斯市，被枪击身亡。一个天主教徒，一个亿万富翁的儿子，一个战火中奋不顾身救起落难战友的海军战士，一个美国历史上最年轻的、风流倜傥的总统，给他的人民和他的亲人朋友留下了绵延不绝的思念与追问。