难点一
环保投入滞后经济发展
本市环保投入与城镇经济发展带来的环境污染治理需求相比仍存在一定差距。5年来，环保投入以近8%的年均增速增长，但环境保护投资相当于上海市生产总值比重却从2008年的3%下降到2012年的2.84%。从2009年开始，环保投入增速也有所放缓。
难点二
农业生态保护任务艰巨
至2012年末，本市农业用地总量已不到400万亩。其中，全市实际经营的耕地面积已不足300万亩。农业面源污染治理仍需加强。近年来，全市主要畜禽粪便资源化处理率和测土配方施肥覆盖率都有明显提高，但目标实现程度仍偏低。
难点三
人口集聚减排难度加大
作为拥有近2400万常住人口的特大型城市，人口的急速扩张和城镇化进程的加快，带来土地资源紧张、污染防治难度加大等一系列问题。至2012年末，化学需氧量（COD）排放强度为1.2千克/万元，目标实现程度仅为28.3%，城镇生活污水占排放总量超过七成，在人口急速膨胀的压力下减排难度不断加大。同时，部分农业生产者掠夺式经营也给耕地地力和秸秆综合利用等方面带来不良影响。
