审计同时发现，设备物资采购、工程施工、技术咨询服务等未依法依规招标，涉及合同金额154271.72万元。审计署此前对中国长江三峡集团公司的审计中曾多次指出这类问题，但本次审计仍然发现。
审计还发现，工程建设管理不严格，导致增加投资1965.51万元：标段划分不合理和施工控制不严，增加投资413.86万元；设备材料采购管理不到位，增加工程赶工措施费800万元；指定分包和调整施工范围，增加投资342.65万元；高出其他供应商最高供应价格采购粉煤灰，增加投资409万元。
此外，部分闲置及退场物资设备处置不规范：低于规定价格42.53万元处置物料集装箱；有200多项退场设备仪器未纳入评估清单，部分直接无偿处置造成国有资产流失。
