《南京大屠杀档案》汇编分为7辑，共20册，另有总目1册。册内每件档案均有中文解说，同时配有英语和日语译文。其内容既有日方加害者的记录，如20世纪50年代接受中华人民共和国最高人民法院特别军事法庭审判的日本战犯供词；也有英美等国第三方人士的记录，如鼓楼医院行政主管麦卡伦的英文日记；更有中方受害者的血泪控诉。

　　2015年10月，“南京大屠杀档案”入选《世界记忆名录》，为有效保护并合理利用珍贵档案，由中央档案馆和侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆等7家单位对各馆所藏南京大屠杀档案进行整理与数字化，并创建数据库。