科学家还没有确切地了解大熊猫体色变化的原因。有学者认为大熊猫控制黑毛的基因是显性的，但控制棕毛的基因是隐性的，所以棕色大熊猫父母应该都具有该基因。不过这种情况出现的概率很小，因此棕、褐色大熊猫十分罕见，只出现在秦岭山区某些孤立的种群中（见图  CFP），也或许是秦岭山区独特的环境因素造就了这种罕见现象。