二战太平洋战争爆发后，苏比克湾被日军占领，成为日本“绝对国防圈”上的重要环节。战后，美国与菲律宾1947年签订美国在菲律宾继续使用和扩大军事基地的协定（1991年到期）。几经扩建后，苏比克湾基地面积为680平方公里（与新加坡国土面积大致相当），包括一个维修设施完备的大型基地和一个海军航空站。
越南战争期间，苏比克湾基地成为驻越美军的战略大后方。1964年后，苏比克湾成为战区内美国第七舰队最重要的维修和补给基地，停泊舰船数量大大增加。苏比克湾海军航空站也成为第七舰队舰载机的主要维护、维修和配件供应中心，喷气发动机维修站平均每天修复2台喷气发动机，大大满足了越南战场的作战保障需求。1975年，北越军队攻占西贡，大量难民逃离越南，其中数千人被美国海军舰艇运送到苏比克湾。
1988年开始，美国和菲律宾谈判苏比克湾海军基地和克拉克空军基地延长使用事宜，但双方在租金等方面存在巨大分歧，时任菲律宾总统阿基诺夫人要求美军在1992年前关闭这两个基地。
1991年，位于吕宋岛的皮纳图博火山发生20世纪最大的火山喷发，大量火山灰和火山碎屑让苏比克湾基地严重受损，美军不得不将基地提前关闭，为此还出动“林肯”号核动力航母帮助数以万计军眷撤离，最终基地于1992年关闭。
进入21世纪后，尤其是2013年前后，出于联合域外国家抗衡中国的战略考量，菲律宾政府试图停止旅游观光项目开发计划，斥资重建苏比克湾海军基地，以吸引美日等国舰船驻泊，进而获取更多军事、经济援助。
