从2009年1月起，杨玉良陪伴复旦走过了5年多的时间，在老师和同学的记忆里，最难忘的莫过于杨校长的“奇思妙语”。2009年初，杨玉良首次坐在全校职工大会的主席台上，便说：“大学精神比有多少院士、多少博导、多少SCI文章、文章引用率多少、得奖数多少更重要。”他又说：“我们必须警惕学术研究出现完全商业化的倾向。” 每年9月的复旦新生开学典礼上，杨玉良总要做一段精彩演讲，屡屡成为媒体关注的新闻。“在复旦，你们完全可以毫无保留地质疑老师，你们更是可以毫无保留地来质疑校长。复旦人的气质首先体现在学术独立、思想自由。”——这是去年杨玉良给予复旦全体2013级新生的寄语，他用“两个质疑”来形容复旦的校园文化和复旦人的气质。