4月16日,开罗刑事法院宣布判处穆尔西以及多名穆斯林兄弟会(穆兄会)领导人死刑,他们被指控在2011年1月埃及爆发大规模抗议活动时实施越狱并袭警。该判决书随后被提交给宗教领袖穆夫提,由其根据伊斯兰教法对判决提出意见。该案主审法官表示,法院已收到穆夫提的意见,但还需要时间对意见进行讨论,因而推迟最终判决。
2011年1月27日,穆兄会宣布将参加反对时任总统穆巴拉克的抗议示威,穆尔西和穆兄会其他一些领导人随后被捕。此后,埃及发生大规模越狱,穆尔西等人重获自由。