拙政别墅建造歇山四方亭16座，耗尽存放15年之久、经自然风干的老杉木，每棵都出自原生林，树龄80年以上，直径都在28-29厘米。
据透露，这批老杉木原打算用于美国洛杉矶圣马力诺市亨廷顿艺术博物馆、图书馆及植物园内的“流芳园”三期，但拙政别墅以巨大的投入终留于国内所用，所有木料浑然天成，承载岁月沧桑。
●楠木
楠木被称为帝王之木，存量稀少，拙政别墅垂花柱选用收藏多年的滇产楠木，色泽淡雅匀称，抗伸缩变形、耐腐蚀、不易裂缝。
●东南亚柚木
主入口大门采用东南亚柚木，木柱直径35厘米，消耗量达90个立方。柚木又称胭脂木，为名贵树种，即使日晒雨淋、干湿变化较大，也不翘不裂，耐腐蚀性极好。
●银杏木
室内雕花、装饰件采用10年自然风干百年银杏木，象征正直、不朽，是木中活化石。
●黄柏木
景窗采用存放5-6年自然干燥、木质细腻、存量稀少的黄柏木，是中国古代建筑的高级用材，存量稀少，寓意高贵，驱恶辟邪。
