由于长期被用作办公用房，大高玄殿大木结构多已年久失修，瓦面、彩画及台基望柱、栏板、排水龙头等石构件缺失伤损严重。同时院内违章建筑乱搭，火灾隐患也很严重，建筑本体险情频发。2011年，故宫博物院对大高玄殿院落内的乾元阁进行了抢险修缮工程，其他各殿宇也纷纷在修缮前期做了抢险加固工作。
故宫博物院院长单霁翔透露，修缮工程将分阶段进行，首先对各建筑本体进行现状整修及重点修缮，建筑工程包括屋面揭瓦、苫抹泥灰背、墙体剔凿挖补及局部拆砌、修补台基、整修加固大木结构以及檐部木装修等，预计于2016年底竣工；之后对油漆彩画、院落地面环境及基础设施等进行修缮，计划于2017年完成。
“大高玄殿位于紫禁城外，可以不受故宫闭馆时间限制，为更多希望感受故宫文化的社会公众提供便利。” 单霁翔介绍，今后计划在九天万法雷坛区域设置数字展馆、利用“数字故宫”文化成果，展示和传播故宫文化，其次，基于维护历史原貌的计划，将在大高玄殿与武当山合办道教展。
