奕劻回到北京的第二天，召集留京官员开会。会上，“昆相（昆岗）起而言曰：‘徐中堂桐以身殉国，从容就义，拟请附奏请恤。’庆邸勃然变色曰：‘徐相已死，可惜太晚了，倘早死数日，何至有徐小云尚书论斩之事。’”在奕劻看来，“诸人之命，实断送于此人之手”。拒绝代递徐桐遗折。另一个“主抚”派人物礼部尚书启秀，在联军入城后被日军拘捕，因母丧被放假十日，“惟恐其逃逸，仍以绠系其一手，使人牵之偕行。启治丧已，往见庆王，庆王讽以微词，启不省，仍退而就禁。”启秀虽然“素有劝助团匪之事”，但实际上只是跟在载漪、刚毅之后的附和者，本希望奕劻能帮他开脱，没想到却被冷潮热讽，他只有死路一条了。

　　光绪二十九年（1903年）三月，奕劻入军机处任领班军机大臣，仍总理外务部如故；旋命总理财政处、练兵处事务，集内外大权于一身，解御前大臣以授载振。

　　光绪三十四年，奕劻晋封世袭罔替庆亲王。奕劻由此成为自顺承郡王勒克德浑以来，二百五十年间，第一位以宗室旁枝身份获得世袭罔替特权的铁帽子王。还是在这一年，奕劻七十诞辰。庆王府门庭若市，各地进献者络绎不绝。奕劻令属下做四个册籍。将送礼者按多寡厚薄分为四级。一级记入福字册，凡现金万金以上及礼物三万金以上者，入一级福字册；凡现金五千以上者，入二级禄字册；凡现金千金以上者，入三级寿字册；凡现金百金以上及礼物值数百金者，入四级喜字册。同是送礼者大小多少不拒，甚至将物不满百金者列为一册。据传这一次七十寿旦，奕劻所得现金五十万两白银之多，礼物价值更为百万以上。

　　宣统三年（1911年），清政府裁撤军机处，奕劻任“皇族内阁”总理大臣，组成庆亲王内阁；武昌起义后，奕劻竭力主张起用被罢黜的袁世凯；袁世凯重新组阁后，奕劻任弼德院总裁。后配合袁世凯劝隆裕太后同意清帝逊位。

　　清帝逊位之后，清廷的孤臣孽子，大多迁居青岛，以示远离政治，避居海角，不食周粟。而奕劻独独选择在天津，与这些宗室或遗臣，往来无多。宗室遗臣谈及奕劻，态度大抵与溥仪相近，或嗤之以鼻，或不屑一顾。宗室遗臣对奕劻的看法，主要集中在两点，一是受贿，二是劝退。溥仪关于奕劻在辛亥年的所作所为，有个最为苛刻的评价，溥仪说：“（奕劻）受袁世凯的钱，劝太后让国，大清二百多年的天下，断送在奕劻手里”。1901年，两宫回銮，护驾有功的岑春煊奉太后召拜访奕劻。岑春煊粗鲁率直，回禀说，“彼处例索门包，臣无钱备此，纵有钱亦不能作如此用。”

　　在辛丑年，奕劻尚未出任领班军机，其贪鄙好货，已是人人知晓了。时人称庆亲王府邸为“老庆记公司”，专卖官鬻爵。岑春煊所言门包，是给看门人的钱。门包的多寡，也可以看出求见者的地位轻重，钱多办大事，无钱寸步难。据传奕劻桌上，常备一锦盒，内置各地官员名录及缺员名单，依官之肥瘠索贿。1911年《泰晤士报》刊发《庆亲王外传》一文，称奕劻：“彼之邸第在皇城外之北，北京大小官员，无一不奔走于其门者，盖即中国所云‘其门如市’也。”该报还爆料称，庆亲王仅在汇丰银行一地的存款，就达到200万两之巨。有清一代，奕劻之贪，与和珅不相上下。