1901年8月，蔡元培在沪担任南洋公学（上海交通大学前身）特班总教习。那时，他极力冲破封建传统束缚，为学生安排了政治、法律、财政、经济、教育、哲学、科学、文学、外交等选修科目。

　　1902年4月，蔡元培与章太炎、叶瀚等在上海发起筹建中国教育会，他被推选为事务长（即会长）。同年秋，南洋公学因无理开除学生激起退学风潮。蔡元培同情和支持这次学生运动，毅然辞职与学生们一起离校。中国教育会为了接纳离校学生，借用上海泥城桥（今苏州河至凤阳路的西藏中路两侧一带）福源里房屋创办爱国学社，由蔡元培担任总理（即校长）。爱国学社分寻常、高等两级和启蒙班，在此就读的学生不用交学费，教职人员都不取报酬尽义务。蔡元培那时兼任上海商务印书馆编译所所长，他的薪水相当一部分补贴给了爱国学社有困难者。在蔡元培的主持下，爱国学社的师生形成注重新学、研习新知的风气。蔡元培、章太炎等还常给在沪出版的《苏报》撰稿，使之大量报道各地学生爱国运动，宣传革新，“遂成为爱国学社之机关报”。

　　过了数月，蔡元培等鉴于孩子们几乎无合适的报刊可读，遂决定筹办一份综合性少儿刊物。1903年4月6日，《童子世界》在沪创刊，封面有儿童擎旗骑狮腾跃图案，其宣布以“呕吾心血养成童子之自爱爱国之精神”和“浚导文明，发达其爱国思想”为宗旨；它的主要内容为评论、时局、演说、历史、地理、化学、博物、小说、诗歌、译丛、箴言、笑话、游戏等，稿件均以浅显的文言文或通俗的白话文写成，比较适合少年儿童阅读。《童子世界》公开宣称所发表的评论“无一字不激，无一语属钝滞，晨钟暮鼓，令人发深省，而于时事复相切合”；不少文章注重唤醒国民，有些还猛烈抨击官办学堂的种种弊端，反对专制和迷信，提倡争独立、争自由，认为“中国之灭亡与否，自主与否，其希望全在吾童子”。《童子世界》封面左上角曾绘洪钟，右下角画一圈人各执乐器而歌，中间有醒目的“铸自由钟”四字；而且，还在文章中斥责封建统治者“盗天下人的天下，拿天下人当奴隶”，“比强盗官吏恶过十倍，害过万分”，主张联合起来“克期举兵起义”，“先攻北京，擒贼先擒王”。《童子世界》为我国最早的综合性少儿刊物之一，其积极鼓动“不受野蛮君主之压迫”，对孩子们产生过较大的政治影响。同年夏，该刊出至第三十三期，因发生轰动全国的“《苏报》案”，爱国学社遭查封，被迫停止印行。

　　此时，蔡元培正在山东青岛；同年9月，他回到上海，旋又参与创办报纸。冯自由的《革命逸史》说：“甲辰（按即1903年）冬，俄兵进驻奉天，中外震动，时蔡元培已由青岛返沪，因与诸同志发起《俄事警闻》，专录载俄人侵满消息，以唤起国人注意。”