自然指数的数据库追踪并分析了全球约6万篇优质科研论文的作者单位信息，涵盖2万多家科研机构。这些论文取自68种被科研人员公认为发表最好科研成果的自然科学类期刊，这些期刊由在职科学家所组成的两个独立评选小组选出，并通过了一个大规模调查验证。自然出版集团估计，这68种期刊约占自然科学期刊总引用量的30%。对优质论文的分析则取其分数式计量值，即表示一家机构对一篇论文的贡献度，在计算时参照了来自该机构或国家的作者占比和每篇论文的作者单位数量。自然指数的有关分析还包括了不同层面的信息，如人口统计数据、国家研发投入、科技制度和拨款政策变化，以有助于正确解读全球科研现状，并为相关决策和拨款提供有理有据的方法。　　

　　从自然指数的分析结果来看，中国也是亚太地区研发投入和科研产出增长率最高的国家。物理学和化学是东亚和南亚国家的传统强项，按加权分数式计量，中国90%的科研产出都来自于这两个学科。北美地区有45%来自生命科学。南半球地区更专注于地球科学与环境科学。除中国科学院以外，北京大学、清华大学、南京大学、中国科技大学、浙江大学、复旦大学和南开大学也跻身“产出高质量科研论文的科研机构”排行榜前100强，分列第22位、第37位、第38位、第49位、第62位、第74位和第83位。

　　《自然》执行主编暨自然出版集团大中华地区总监尼克·坎贝尔指出：“自然指数以一种独特视角反映中国科研的持续成长，尤其是高质量科研产出的增长。近些年，我们已从《自然》系列期刊中看到这一发展趋势。随着中国不断加大研发投入，并致力于成为科技创新的领袖，预计这一上升趋势近期依然会持续下去。”2013年，中国发表在全球两大顶级学术期刊《自然》和《科学》上的论文数量要多于2012年，按加权分数式计量，位次由第8提升至第5。