增刊分析2013年1月1日至12月31日中国发表的论文，并聚焦于此间曾贡献过最高水平科研论文的中国城市、机构和科研人员个人。北京作为中国科学院及北京大学和清华大学所在地，成为自然指数科研产出最多的中国城市，其论文篇数是上海的2.4倍，南京的5倍。如按照加权分数式计量，北京的科研产出已超过整个加拿大。上海排名第二，近三分之一的科研产出来自于生命科学领域，这一比例高于全国平均水平。其他科研产出位于前列的城市及地区还有南京、香港、长春、武汉、合肥、杭州、广州和天津。