在防治船舶大气污染方面，新规要求政府有关部门积极推进靠泊船舶使用岸电；在本市发布空气重污染预警时，船舶不得从事易产生扬尘的作业活动；明确船舶应使用符合规定标准的燃油，并鼓励使用低硫油、清洁能源；规定船舶应遵守国家和本市的大气污染物排放标准。

　　本市青草沙、东风西沙、陈行和黄浦江上游四大饮用水水源地，新规规定：禁止船舶向水源保护区水域排放生活污水、含油污水和压载水；水源保护区内不得冲洗甲板；水源保护区内发生船舶油污事故，禁止使用消油剂。对于违反前述规定的，设置了最高20万元的罚款。