上海崇明海关的前身为上海海关驻崇明办事处，成立于1996年，主要承担辖区进出口业务通关、企业注册登记、加工贸易监管等业务。自设立以来，有力促进了长三角地区与外界的经济、文化交流。

　　崇明海关开关运作后，从原来的区域性海关转变为口岸海关，在保留原有职能之余，承担口岸进出境监管等新职责。