协议涉及赋予南部穆斯林居民更广泛自治权，建立更大穆斯林自治区，名为“邦萨摩洛”，建议成立15人过渡委员会，起草自治区法律。协议要求“摩伊解”1.1万名武装人员逐步复员，没有列出具体时间表。签约仪式在首都马尼拉总统府举行。
然而，一些“摩伊解”成员拒绝放下武器。强硬派人物阿梅里尔·卡托去年脱离这一组织，经由发言人声明，不承认协议，将继续追求建立一个独立的伊斯兰国家。另一支主要反政府武装阿布沙耶夫组织没有参与和谈。
一些西方国家担心，来自中东和东南亚的“基地”组织武装人员寻求与菲律宾反政府武装合作，培训武装人员和联手行动。
