世界动物园和水族联合会的声明说，《奇妙的朋友》让黑猩猩和红毛猩猩穿上人类的衣服，把它们塑造成“可爱的宠物”，会让观众认为它们并不濒危，甚至暗示它们是绝佳的宠物，这会让大猿宠物贸易需求进一步上升。国际灵长类学协会的信也用6个“不合理”表达了节目应该停播的强烈要求，信中指出：“私人拥有豢养灵长类不合理，且有疾病传染隐患，而被训练得会依照命令耍把戏以娱乐大众更让我们感到极度不安。”

　　对此质疑，《奇妙的朋友》制片人严典雅回应称，动物话题一直都会有争议，但是争议不能掩盖做节目的初衷，“我们的每一个设置都没有违反关于动物的法律法规，我们保有很好的初衷，没有违背动物的生活习惯，我们在拍摄中都做到了这些，另外，我能百分百保证，这些娱乐性是因为剪辑，在前期绝对没有因为这些影响动物的生活，我们所看到的是饲养员工作的一部分内容”。 

　　《奇妙的朋友》拍摄地长隆野生动物世界也作出回应，强调“长隆野生动物世界的动物饲养、展示、繁殖，都是严格遵守《中华人民共和国野生动物保护法》，在国家法律的指导下进行的。”并表示，反对声不会改变他们与湖南卫视做这个节目的初衷。