据长江海事局统计，1988年至2009年间，辖区内共查处船舶污染事故367起，其中重大事故23起。在重大事故中，发生油类污染事故16起、化学品污染事故7起，导致溢油近1500吨、化学品泄漏1400多吨。这其中还未包括各类船舶因随意向长江倒泄垃圾、油污引起的水体污染。
污染物集中排放对长江沿线近500个取水口造成直接威胁。2010年以来，因撞船等船舶事故，上海青草沙水源地采取预防性关闸、停止取水达到16次，威胁到黄浦江水源地的有8次。
