被誉为纳豆博士的须见洋行教授，上世纪80年代在美国芝加哥研究所成功研发出溶解血栓的药物。一天他试着把一粒纳豆放在人工制造的血栓上，结果傍晚他发现血栓在纳豆周围开始溶解，从而发现了纳豆激酶。纳豆激酶不仅能溶解血栓，还能激活另一种能溶解血栓的纤维蛋白溶酶。须见还发现纳豆特殊气味中含吡嗪化合物，吡嗪化合物有使血液不易凝固的作用。总之，纳豆激酶能提高血液携氧能力，增加高密度脂蛋白含量，软化血管，清除动脉硬化斑块，清除心脑血管疾病的致病源。
人从食物中吸收的钙，须和一种有粘合作用的蛋白质结合，才能将钙吸附到骨骼内，合成这种粘合钙的蛋白质须有维生素K2参与，而纳豆菌正好能产生维生素K2，故纳豆有强骨效果。据日本厚生省调查，纳豆消费量较高的日本东北、关东地区骨折发生率较低；纳豆消费量只及前者一半的近畿以西地区，骨折发生率较高。纳豆的粘液成分有助于吸收以钙为首的矿物质。原来粘液成分中有呈负离子状态的谷酰胺，它很容易和带正电的钙离子结合，便于被肠吸收后吸附到骨骼里。研究者把24位闭经一年以上的女性分为两组，一组喝含钙饮料，另一组喝加纳豆粘液成分的钙饮料，结果发现钙吸收率后者高出前者4.5%。
日本肠内细菌专家寺田厚教授将7位22-49岁成年男子为试验对象，让他们每天吃50克纳豆，两周后采便调查肠内细菌状况，结果发现有良好通便效果的双歧菌数量比试验前增加了2-3倍。原来双歧菌是通过吃纳豆所含的低聚糖和构成纳豆菌细胞膜的氨基酸繁殖的，因此纳豆能增强肠子运动，有利于通便。纳豆还能增加肠内酸性度，使腐败菌难以产生，并使导致食物中毒的大肠杆菌、梭状芽胞杆菌数减少，活动减弱，从而抑制粪便臭气的产生。寺田认为人们食用纳豆比食用大豆更有益健康，食用50克纳豆，效果相当于喝80克酸奶。
