这个我国迄今为止建成的最具规模的大科学装置和多学科研究平台，自2009年5月向用户开放后，已实现高效稳定运行，用户供光期间开机率逐步提高，目前已达到99%，平均无故障运行时间达到78.1小时。2014年5月23日至6月15日，上海光源连续供光创最新纪录，达到551.3小时。

　　五年来，首批7条光束线站已执行课题申请5406个，服务了来自全国各地的高校、研究机构、医院和企业等300多家单位的近万名用户，取得一系列具有全球影响力的科研成果。截至目前，已发表论文1500多篇，其中在《科学》、《自然》、《细胞》三种国际顶级刊物发表论文37篇、在各专业领域内具有高影响力的SCI-1区刊物发表论文316篇，产生了重要的国际影响。仅2012年度和2013年度，中国科学家利用上海光源生物大分子晶体学线站测定的蛋白质结构数都超过330个，连续二年在全球130多个生物大分子晶体学线站中名列第一。

　　在生物医学、环境科学、地质考古等诸多领域，我国科学家也利用上海光源开展了多方面、有特色的研究工作。包括在国际上第一次观察到活体动物肺泡的高分辨成像，以及毒性元素与化合物在植物中的输运过程与毒性机理、水污染治理、古生物胚胎化石分化等研究。此外，世界知名制药公司诺华、罗氏、葛兰素史克、辉瑞等多家生物医药公司利用上海光源获得的大量结构数据研发新药。

　　据透露，上海光源一期工程一直处于供不应求、任务饱和状态，为用户提供的机时分为免费、付费两种。其中，免费机时用于以发表研究成果为目的的公益研究；付费机时用于以产生经济效益为目的的产品研发，不超过总机时的10%。后续，上海光源二期工程已经列入国家重大基础科技设施十二五规划，拟采用一期建设模式，由国家、上海市和中国科学院共同投资建设16条性能优异的先进光束线站。

　　同时，X射线自由电子激光试验装置也在推进，将让上海光源拍摄的分子照片“动”起来——拍出“分子电影”，帮助科学家更原位、实时地看清微观世界的变化。预计到2020年，上海光源后续线站工程陆续建成，将总共拥有近40条光束线站，将形成基于上海光源的先进光子科学研究中心，成为有国际影响力的科技创新研究基地。