统计数据显示，水上巴士首月客流量为平均在169人次/日，这一数据在第二月滑落到19人次/日，最低时则是4人次/日。水上巴士试运行期间每天16个班次，这就意味着会出现1名乘客“包船”甚至“有班次、无乘客”的窘境。而从成本计算，一个班次仅油钱就要四五十元，还需要驾驶员、技工、服务员以及两位水手等5名工作人员；据测算，要想收支平衡，平均一个班次需载客50名以上。

　　据轮渡公司客运部经理徐春杰分析，试运行情况不乐观，原因有三：其一是水上巴士目标客源为上下班高峰时间的通勤人群，试运行时间为工作日上下班高峰时间，即上午7:30-9:00，下午4:30-6:00，每30分钟一班，这样的班次和航线，让不少想坐水上巴士的人感叹“赶不上就要等半小时，不如去坐公交、地铁”，由此导致难见“上班族”、只见“观光客”；其二，水上巴士“生不逢时”，试运行的两个月恰逢全年客流低谷期，即一年中最寒冷的季节；其三，水上巴士渡口的交通配套也不完善，公交、地铁未能与轮渡做好衔接。