经过多年的积累和探索，卫生部与上海市政府建立了良好的合作关系。2009年，在长期合作共建的基础上，签署了共建共管卫生部在沪单位的协议，对6所卫生部在沪医院进行共建共管，部市合作的内容机制形成了规范化的框架。2011年，召开了第一次部市合作会商会议，签署了《共建共管在沪卫生部管理单位补充协议》和《进一步深化部市合作协议书》，对部市合作的内容作了全面扩展和提升，开启了卫生部与地方共建共管的工作新模式。

　　按照部市合作的宗旨和理念，卫生部和上海市政府将筹建中国热带病防治研究中心、国家食品安全风险监测与评估中心(上海)和中国医学科学院上海中心(或上海总部)，共建国家转化医学中心、国家儿童健康中心、慢性病综合防范示范市和全科医学师资培训中心，共同推进上海两个国际医学园建设、上海中医药事业发展、卫生标准化建设和卫生信息化建设，共同在部管医院的投入和管理等方面加强相互支持。