车站海关设立后，将取代原上海海关驻车站办事处，全面承担起上海站铁路正式口岸“沪港专列”旅检通关、铁路杨浦站国际联运货运监管以及上海普陀、闸北两区的海关管理职责，也将大幅加强上海关区铁路客货运等陆路运输监管。