13号线祁连山南路站地处祁连山南路和金沙江路交叉处，位于丰庄站和真北路站之间。车站共设有三个出入口，分别为1、2、3号口，目前开放2、3号口。该站为地下车站，站台位于地下二层。站内设有公共厕所和无障碍设施。

　　随着祁连山南路站开通，13号线各站末班车时间也在原有基础上总体延长，增加全天运营时间。即：往金运路方向末班车时间延后约30分钟，往金沙江路方向的末班车时间延后约11分钟。列车运行间隔及全线各站的首班车均保持不变。