义和运动爆发后，1900年2月19日，认识到了形势严峻性的奕劻领衔会奏，请严行查禁直隶、山东一带的义和拳会。奏折请求朝廷：“申明旧禁，明降谕旨，饬下直隶总督、山东巡抚，各就地方情形，剀切晓谕，解散胁从，并严拿为首之人，从重惩办。”清廷根据奕劻等人的奏请，发布上谕，明确声明“私立会名，皆属违禁犯法，务宜革除恶习，勉为良民。”上谕发出后，山东、直隶的地方官开始贯彻上谕，发布禁止义和团告示，劝谕义和团解散，筹拨兵勇，以防范弹压。但义和团发展的势头并没有被阻遏住，3月2日，英、美、德、法、意五国驻华公使，前往总署要挟。三天后，五国公使威胁说，如果他们的要求得不到满足，将采取“必要手段”。实际上，他们已经分别建议本国政府，派海军来中国北方海面示威。以后，总理衙门仍不断受到外国的压力，要求迅速采取措施，镇压义和团。

　　面对强大的外交压力和恫吓，5月22日，奕劻再次领衔上奏，请求拿办义和拳。奏称：“京城使馆林立，时有洋人教士往来出入，亟应设法保护使馆教堂，弹压地面，并访拿匪徒传授奉令暨匿名揭帖之人，获案究办，以免别生衅端。”由于奕劻处于外交第一线，感受到的外交压力也特别重，多次的军事恫吓，对他的影响是显而易见的。这就在某种程度上决定了他的态度：必须采取有力措施，保护教堂，访拿“匪徒”。

　　6月10日，内阁明发上谕：“端郡王载漪，著管理总理各国事务衙门，礼部尚书启秀、工部右侍郎溥兴、内阁学士兼侍郎衔那桐，均著在总理各国事务衙门大臣上行走。”《庸扰录》在评论新入署的四个人时说：“四人皆系不明外事，专袒义和团匪者。识者忧之。”窦纳乐致索尔兹伯理函中说：“6月10日，官报宣布任命大阿哥的父亲端王和三位满族官员在总理衙门任职，所有情报都表明端王是宫廷设立义和拳神坛的主要支持者……”早在6月6日，慈禧已经召集各大臣密议对付义和团的策略，经过激烈争论，主“抚”派逐渐占了上风。

　　据窦纳乐说，在御前会议当天“总理衙门的译员联芳前来看我，他常常作为庆亲王的使者进行活动。我利用这个机会对他谈起觐见的想法，说觐见的目的是为了支持庆亲王和总理衙门大臣们对镇压义和团的愿望”。会议前一天，奕劻和英国公使窦纳乐举行了一次会晤。窦纳乐记下了当时的情况：

　　庆亲王和我会晤时，迅速作了例行的遗憾的表示，而在前一天的会晤时是如此明显地没有这个表示的。但是，当他处理镇压义和拳问题的时候，他回答我的责难所用的语气，据我看来，意味着他心中同意我所说的话，而且他曾在高级官员中极力陈述同样的看法，但毫无效果。

　　庆亲王在谈到义和拳的时候所用的毫无希望和无能为力的语气，给我的印象如此深刻，所以我回到使馆之后，便致电舰队司令，询问他是否能够再拨给七十五名士兵。

　　我的会晤的另一结果，就是使我确信长期以来我所怀疑的事情：总理衙门即使有庆亲王作为它的发言人，已不再有效地代表中国统治势力；同时我感到，他作为推动中国政府的一个杠杆，正在彻底瓦解。