然而美国民众并不认可委员会的结论，大部分人认为肯尼迪刺杀案的嫌疑人不止奥斯瓦尔德一个。众议院特别委员会曾在一份调查报告中称，杀害肯尼迪的枪手并非奥斯瓦尔德，而是躲藏在路边草丘里的另一人（报告称其为“草丘守望者”），这名凶手在肯尼迪乘车经过时开枪将总统射杀。另一种“阴谋论”观点认为，中央情报局是刺杀案的幕后黑手，让肯尼迪送命的关键一枪来自与中情局有关的杀手。还有人称，中情局事先掌握了刺杀计划，但故意不作为，任由刺杀案的发生。众议院特别委员会在调查报告中称，尽管没有确切证据表明中情局与肯尼迪遇刺案有关，但该局至少在案件前后表现出“薄弱的情报收集和共享能力”。

　　除了这两个流传较广的“阴谋论”版本外，公众还对肯尼迪遇刺案“脑补”出一些另类的说法。比如黑手党报复、古巴革命领袖卡斯特罗复仇乃至肯尼迪欲揭发外星人秘密而遭灭口等。肯尼迪在任期间，曾支持中情局拼凑雇佣兵入侵古巴，酿成“猪湾事件”，他的弟弟、时任司法部长罗伯特·肯尼迪则对有组织犯罪实施“严打”，所以前两种说法的产生并不令人惊讶。不过，因外星人的秘密而遭灭口的说法却是脑洞大开。1947年，新墨西哥州罗斯韦尔市发现疑似“外星飞船残骸”，美国政府随即成立传说中的“MJ-12行动小组”，负责安排外星人与艾森豪威尔总统会谈。据说双方最终达成了有违人类伦理的交易，而肯尼迪总统发现了这个秘密，于是被“有关方面”灭口。