《纪要》明确了单位犯罪的认定问题，规定了环境污染单位犯罪的认定标准，重点打击出资者、经营者和主要获利者；明确犯罪未遂的认定问题，规定可以按污染环境罪（未遂）追究刑事责任的具体情形；明确主观过错的认定问题，规定应当依据犯罪嫌疑人、被告人的任职情况、职业经历、专业背景、培训经历以及污染物种类、污染方式、资金流向等证据，进行综合分析判断。对于生态环境损害标准的认定问题，《纪要》明确了在生态环境损害赔偿制度试行阶段，全国各省（区、市）可以结合本地实际情况，根据案件具体情况准确认定生态环境损害标准。此外，《纪要》还就涉大气污染环境行为的处理问题作出规定，指出对重污染天气预警期间，违反国家规定，超标排放二氧化硫、氮氧化物，受过行政处罚后又实施上述行为或者具有其他严重情节的，依法追究刑事责任。

　　《纪要》强调，对于情节恶劣、社会反映强烈的环境污染犯罪，不得适用缓刑、免予刑事处罚。人民法院对判处缓刑的被告人，一般应当同时宣告禁止令，禁止其在缓刑考验期内从事与排污或者处置危险废物有关的经营活动。

　　《纪要》还规定了长江经济带十一省环境污染犯罪可以从重处罚的具体情形。《纪要》指出，对于发生在长江经济带十一省（直辖市）中，跨省（市）排放、倾倒、处置有放射性的废物、含传染病病原体的废物、有毒物质或者其他有害物质的，向国家确定的重要江河、湖泊或者其他跨省（市）江河、湖泊排放、倾倒、处置有放射性的废物、含传染病病原体的废物、有毒物质或者其他有害物质的环境污染犯罪行为可以从重处罚。