熊丙奇说，有舆论解读称，“2011计划”是“产学研一体化”的2.0版，这比较形象。但新版是否就解决了老版本的问题？我国在上个世纪90年代就提出“产学研一体化”，可做得并不好。一方面，高校的科研成果转化率很低，超过90%的科研成果在通过验收后就被束之高阁。另一方面，产学研一体化反而让大学充满浮躁之气，有的教授弄出一项发明，马上自立山头开公司。再就是，在科研项目中，学校间也有合作，可是在利益因素左右下，“合作”出现“五同现象”，即论证之初“同心同德”，制定计划时“同舟共济”，经费到手后“同床异梦”，遇到分歧时又“同室操戈”，最后变成“同归于尽”。

　　熊丙奇认为，之所以出现这些问题，关键在于我国大学严重行政化、功利化，缺乏现代大学制度。教育主管部门一定注意到了以上问题，但“2011计划”的推出说明，教育主管部门仍是用行政力量而不是通过建立现代大学制度来解决上述问题。在行政管理思维下，“2011计划”很可能重演老版本的故事：没有办学自主权的大学很难有明确的办学定位；在行政指标的压力下，学校更加重视学术研究、产业服务，而难以理顺人才培养、学术研究、产业服务三者的关系。因此，解决高校间科研能力分散、相互消耗，根本在于现代大学制度的建立，而行政化的“2011”不能替代现代大学制度。