避孕药副作用的发生与配方中雌、孕激素的种类和剂量有一定关系，妇女对各种激素的反应亦不一致，如：个别妇女服药后可能会出现体重增加、食欲亢进或痤疮等，多因雄激素作用，可以咨询医生后更换孕激素成分不同的其他种类的避孕药，往往更换制剂可能减轻副反应。
目前没有科研和临床的证据表明口服短效避孕药会导致恶性肿瘤的发生，甲状腺疾病、子宫肌瘤、滋养细胞疾病、良性卵巢肿瘤等也没有服药的限制；据统计，服用短效口服避孕药还可以减少发生子宫内膜癌和卵巢上皮癌的危险各40%以上，而且这种保护作用随时间的延长而增加。但是已知或乳腺癌、雌激素依赖性肿瘤、良恶性肝脏肿瘤等不建议使用。
