义和团运动爆发后，1900年6月6日，慈禧已经打定了招抚义和团的主意，奕劻知道不能直接和慈禧冲突，但又不能不提醒慈禧。于是，他采取了折中的办法，把俄国公使格尔思的函件，以奏折附件的形式呈给慈禧，曲折地表达了自己的意思。格尔思函中称：“如果贵国政府或偏庇义和团，抑或无力弹压”，“欧洲各邦必当设以绝计，以救其民……为救中国，必须片刻不缓，极切极严，谕令净绝义和团毫无意识之不法所为。”奕劻呈送的这个函件警告慈禧的目的十分明显，慈禧不会不明白。以载漪取代奕劻为总理衙门大臣，这个人事变动，反映了奕劻与慈禧关系的变化。此时的奕劻，虽未给予处分，实际上已被搁置到了一边。

　　载漪、刚毅等也把奕劻看成了阻挠他们“抚团剿洋”的主要障碍之一。英国驻天津领事贾礼士在发给索尔兹伯理的一封信中也说：“在北京的主要政治家之间，庆亲王和大学士荣禄似乎已成为对端王或董福祥提督起牵制作用的仅有的人物。” 

　　曾有载漪欲杀奕劻之说。连对奕劻向来宠信的慈禧，都威胁要杀他。李希圣的《庚子国变记》中记载：荣禄曾劝阻杀徐用仪等人，说：“祖宗时不轻杀大臣，今诛之太骤，罪不明。臣亦见奕劻，奕劻言不可。”太后曰：“奕劻喜与他人事耶？为我谢奕劻，行将及若矣！”可见当时奕劻已和慈禧拉开了距离。普通的义和团成员把奕劻当成了汉奸，出现了有关奕劻的揭贴，其中光绪二十六年六月十九日（7月15日）张贴的“告示”名为“庆王爷于四月初九日夜间子时连得三梦”，“玉皇大帝点化他，改天主归大清正道，你既吃了中国俸禄，反与外洋助力，此如不改，悔之晚矣……”就在张贴传单的当天，京师义和团杀死了清军副都统神机营翼长庆恒。李希圣《庚子国变记》中说：“然拳匪专杀自如，载勋、刚毅不敢问。都统庆恒一家十三口皆死。”可见，清政府虽多次强调要“统率”、“钤束”义和团，但义和团却并不那么俯首听命，在这种气氛下，奕劻看到揭帖后的心情可想而知。

　　从6月10日上谕令载漪主管总理衙门之后，奕劻只得暂时把自己的主张收敛起来。6月16日，慈禧召集御前会议，会上就对义和团的剿、抚及对列强和战问题，展开了激烈争论，而奕劻却不发一言。当天散值后，袁昶又找到奕劻、载漪和荣禄，陈述“招抚拳会”政策之不可行，声称“即使洗剿东交民巷，战胜外兵，然开衅十一国，众怒难犯，恐坏全局”。载漪听后“甚怒”，而奕劻“神色沮丧，无所言”。

　　胡思敬在《驴背集》中评论当时关于和战剿抚之争时，说奕劻、荣禄、王文韶是“恶匪党而不敢直言”。面对载漪咄咄逼人的气势，奕劻沉默了。6月17日，慈禧再次召开御前会议，讨论和战事宜，奕劻又没有表态。18日，慈禧召开第三次御前会议，“筹议和战”。会上，慈禧批准载漪请攻使馆之议。连平时不怎么发表意见的王文韶，都以“一旦开衅，何以善其后”之言出来反对，奕劻仍没表态。当天，清廷决定派大学士徐桐、户部尚书崇绮，会同奕劻、载漪及军机大臣会商有关“京师军务”一切事宜。19日，慈禧召开第四次御前会议，决定对列强宣战。