对这些日本低级军官的审判，主要是他们长驻一地，所犯罪行易于取证。但法庭初期在这些宪兵、特务身上费时过多，而对侵华战争中犯下重大罪行的日军高级将领未进行重点审理，偏离了审判的大方向。1945年12月16日，苏、美、英决定组成由美国、中国、英国、苏联等11个国家参加的远东国际军事法庭。根据《远东国际军事法庭宪章》，以破坏和平罪、普通战争罪、违反人道罪三种罪行对日本甲级战犯进行审判。经过取证和筹备，远东国际军事法庭于1946年4月29日接受了盟军最高统帅部国际检察处对东条英机、广田弘毅等28名被告的起诉，并于同年5月3日在东京对这批日本主要战犯开始审判。 

　　东京审判为中国对日审判明确了大方向。为了广泛搜集证据，东京审判罪行调查组回国，5月11日在南京举行联席会议，督促各地法庭搜集证据。为此，南京国防部派出战犯罪行调查督导组，分赴各地进行指导。 

　　在东京审判的引导下，国内审判将重点集中到日军在华制造的集体屠杀事件上，并重点审判负有战争罪行责任的日军将领。广州法庭最重大的审判，是针对日军驻华南派遣军指挥官田中久一中将。 

　　田中久一，日本兵库县人，先后毕业于日本陆军士官学校、陆军大学。1937年晋升陆军少将。1938年初任驻台湾日军参谋长，参与侵华战争。1938年9月日军进犯广东，田中任第21军参谋长。他派密探到广东沿海侦察布防情况，主持制定作战方案。10月4日田中下达命令，日本空军出动飞机百余架，对广东各地进行狂轰滥炸。仅广州一地，死伤平民达10余万人。10月12日，田中指挥日军7万余人从惠阳县的大亚湾等处登陆，很快占领淡水、惠州、博罗等地。10月21日广州沦陷。1941年田中将在粤日军编为华南派遣军第23军，他先后任该军参谋长、司令官。同年12月指挥日军攻占香港。1944年12月参加“湘桂会战”，攻陷柳州、南宁等重镇。同年12月，他兼任香港总督。侵华战争后期，田中久一是侵粤日军最高指挥官。 

　　田中久一在广东期间，犯下多起战争罪行。广州法庭将审判集中在两起罪行上。1944年7月，田中久一为准备参加“湘桂会战”所需物资，命令部下派人到台山县勒索粮食。该县三社乡民众奋起反抗，日军800多人将三社乡团团围住，杀死乡民245人。与此同时，日军进攻开平南楼，俘获中国守军7人，拖至附近中国银行楼前，屠杀肢解，并将尸体抛入水中。1946年7月11日广州法庭对田中进行第二次庭审时，开平南楼证人司徒克罗当庭作证。田中申诉下属所做之事，他不知情，也不能负责。鉴于田中不认罪的态势，广州法庭检察官追加起诉，根据战犯处理条例中的38项罪名，指控田中犯有破坏和平、违反战争法规、滥炸不设防地区、劫掠等14项罪名。7月15日继续庭审，田中的违反战争法规罪事实为：1942年1月进攻惠州时，屠杀平民2000余人；1944年10月攻占广西蒙墟后，将俘获的国民党军士兵集体屠杀。违反人道罪事实为：1942年1月出动飞机六架，对惠州若瑟医院进行轰炸。这样，就将田中的罪行上升到战争犯罪的高度。 

　　此时，上海美军法庭追究田中杀害美军飞行员的责任，将其引渡到上海受审。广州法庭认为田中在华南罪行严重，不能由美军宣判，又将田中引渡回广州。经过长达四个月，十几次庭审，在9月30日终审时田中终于承认：“日中之战争，实由日本政治家观察错误，至有今日之祸，应接受审判。在战争中日军不免有可责备之处，但日军并非全般如是。停战之时，23军尚有14万之众，稍有不慎，后果不堪设想。而广东之交接与秩序，比各地日军为佳，希审判长予以注意。部下如有非法犯罪行为，本人甚表遗憾。”1946年10月17日，广州军事法庭以战争罪等14项罪名，判决田中久一死刑。1947年3月27日在广州执行枪决。 

　　广州法庭审判田中久一，在各地法庭中历时最长，庭审次数最多，表明中国审判人员为了对日本战争罪犯进行公正审判，付出了极大的努力。通过大量取证，将日本战犯的罪行由单纯的杀人、掠夺、酷刑上升到破坏和平罪、反人道罪，为中国人民伸张了正义，也使日本战犯低头认罪。从而体现了中国审判水平的迅速提升，在中国法制史上也值得充分肯定。 

　　审判日本间谍

　　各地军事法庭除了对日本战犯进行审判外，还对与其相关的一些案件进行了审理。 

　　对日本侵华以前和侵华战争期间，以外交官和各种身份在中国从事特务间谍工作的日本人，国民政府都将其列入战犯。因此，各地日本特务机关的头目，都受到严厉惩处。 

　　广州法庭于1947年4月审判日本驻澳门特务机关长泽荣作。判决书称：“自（民国）三十年至日本投降止，该战犯利用在澳门之特殊势力，专事搜刮物资搜集情报，监视各国驻澳人员活动。并收买汉奸黄公杰组织密侦队，供给枪械，专事暗杀我方人员。”在泽荣策划指挥下，先后将国民党驻澳门情报人员梁彦明、林卓夫，中山县侦缉队长黄仪，第七战区第三纵队情报主任李秉元、鲍家琪等杀害。据此，法庭宣判泽荣作及其部下山口久美宪兵少尉死刑。 

　　在抗战期间与日本人合作或共同犯罪的外国人如何处理，1945年12月4日战犯处理委员会第四次会议决议：“外籍人士与日人勾结，危害中国及盟邦，构成战罪者，系属共犯，可依战争罪犯处理办法第14条处理之。” 

　　1946年5月底，广州行辕将海斯等7名纳粹德国间谍引渡到上海，交美军法庭审理。德国陆军大尉海斯在华南主持谍报工作，直属上海阿尔哈尔的德国特务总机关。该谍报机关于1943年在广州设立，常窃听由重庆拍至外国之电报、中印军运无线电报，其工作至1944年已达到最高峰，所得情报每十日向上海总机关通报一次，并与日军联络，刺探我方军情。该机关设立公司为掩护，勾结奸商套取物资，企图建立敌伪华南经济基础，破坏我战时经济体系。罪行查实后，这些德国间谍都受到应有的裁处。 

　　外籍间谍的线索，主要是美军提供的。1946年1月，美军葛雷中尉检举法国维基政府驻澳门领事西门及意大利女子贝安加谭有间谍嫌疑。广东高等法院将贝安加谭拘押审讯，“对其于战争期间，往来沪粤港等地，与日敌周旋，及与西门领事同居各经过，均做详细之研讯。”美女间谍上法庭，引起轰动。后因证据不足，贝安加谭被拘留一年多，最终没有判决。 

　　日军侵华战争中，作为占领地的韩国和台湾地区有很多人被征召参军，与日军一起对中国军民犯下罪行。战后国民政府下令将这些人与日本战犯同样处理。1947年4月，广州军事法庭判处台籍战犯李安死刑。李安原系日军驻广东增城警备队翻译，1944年间因强买不遂，将平民陈光痛殴，致其重伤身死。又因勒索平民蔡森未遂，指其为游击队，指使日军将蔡残杀。军事法庭以勒索残杀罪指控李安。经法院审讯，蔡森之母出庭作证，法院判处李安死刑，于4月18日在广州执行枪决。