目前，金山铁路实施日常和双休日两套列车运行方案：日常（周一至周五）开行36对动车组列车，其中一站直达和站站停列车都分别为18对；双休日(周六、周日)在开行36对列车总数不变的情况下，增加直达列车和沿线停靠新桥、亭林等站办客列车，其中开行一站直达列车20对，开行沿线停靠新桥和亭林两站办客列车2对，开行站站停列车14对。