1958年4月上旬，胡适从美国回到台北，准备参加即将在台召开的院士会议和进行院士选举。《胡适年谱》4月9日记载：“下午，蒋介石在官邸接见胡适。事后他（胡适）对记者说：希望有两三年的安静生活，当可将未完成的著作《中国思想史》写完，然后再写一部英文本《中国思想史》，接着就要写《中国白话文学史》下册。”可见胡适这次回台，挂念的还是学术大事。次日上午九时，胡适就职“中央研究院”院长，他在就职演说中提到，蒋介石请他出任此职，他“曾几次托人恳辞”未果。后想，“世界已进入原子时代，台湾亟需良好的学术基础”，“也就深感义不容辞了”。

　　那天蒋介石也到场并发表讲话。历史学家吕实强回忆道，蒋介石的致词中有一段说：我对胡（适）先生，不但佩服他的学问，他的道德品格我尤其佩服。不过只有一件事，我在这里愿意向胡先生一提，那就是关于提倡打倒孔家店。当我年轻之时，也曾十分相信，不过随着年纪增长，阅历增多，才知道孔家店不应该被打倒，因为里面确有不少很有价值的东西。胡先生致答词的时候则表示：对于打倒孔家店一事，我所谓的打倒，是打倒孔家店的权威性、神秘性，世界任何的思想学说，凡是不允许人家怀疑的、批评的，我都要打倒。胡适的“反弹”使蒋很不悦。多年后，学者潘光哲在《何妨是书生》一书中写道：当年蒋、胡那番言语交锋，蒋介石认为“中央研究院”是学术之最高研究机构，所以就应该担负起“复兴民族文化”的任务”。蒋还说，伦理道德实为吾人复兴民族、治标治本之基础。胡适针对蒋希望“恢复并发扬中华固有文化与道德”的认识，表示，“我们的任务，还不只是讲公德私德，所谓忠信孝悌礼义廉耻，这不是中国文化所独有的，所有一切高等文化，一切宗教，一切伦理学说，都是人类共同有的”。

　　在履职“中央研究院”院长期间，胡适除因病几番住院外，其他时间确实多投入在做学术研究、写作、演讲这些事上。这年年底，胡适再次因病住院。当护士曹小姐拿着一本附有胡适写的《吴敬梓年谱》的《儒林外史》，请他题字留念时，胡适即写下《儒林外史》中杜少卿说的一句话：“逍遥自在，做些自己的事吧！”——这是晚年胡适对护士曹小姐的寄语，但又何尝不是他的自我警策！