由于涉嫌参与1998年的“5月排华事件”，普拉博沃此次参选备受争议。当时，指称军方高层谋划、指挥这场惨剧的传言甚嚣尘上,而掌管特种部队的普拉博沃被调往其他闲职，令不少人猜测普拉博沃是幕后黑手。此后，普拉博沃因涉嫌参与绑架反苏哈托政权人士被解除军中一切职务，但一直没有因排华事件而受罚。

　　在此次竞选中，普拉博沃辩称当年只是执行命令，而非本人意愿。他表示，如果胜选一定不会搞排华行动。但分析认为，普拉博沃能否遵守诺言十分难说。  齐旭