尽管奕劻“剿团和洋”的主张是一贯的，但在清朝统治集团决策过程中，奕劻并没有作为主剿派的领袖站出来。这除了对载漪和义和团的恐惧之外，和奕劻本人的性格是相一致的，他圆滑、巧诈，城府很深。他决不会像徐用仪、许景澄、袁昶等人那样，冒着杀身之祸，去拼命直谏，特别是看到慈禧战意已决，已经听不进“剿团和洋”的意见，在他看来，一味蛮干，于事无补。他更不想去据理力争，而是保持暂时的沉默，等待时机。但在私下奕劻仍然坚持他的“剿团和洋”主张，并做了一些牵制顽固派的事。当然，只要稍有压力，他就知难而退，又回到了沉默之中。6月15日，即第一次御前会议的前一天，袁昶上书奕劻，指出义和团“实属罪大恶极”，应“高悬赏格”，“格杀勿论”。奕劻当然是同意袁昶的观点的。当慈禧决定处死袁昶、许景澄以及立山、联元、徐用仪等五大臣时，奕劻无疑也是反对的，然而，他并没有采取积极措施去营救。《高枬日记》称：7月25日处决袁昶、许景澄前，荣禄求情没有获准，就去找奕劻一同再去。奕劻说：“我与若等耳，你求不行，我安能行者？如欲获准，非徐（桐）、崇（绮）一言不可。”奕劻明哲保身，圆滑处世的性格暴露无遗。

　　这期间，奕劻主要是和使馆区内公使们进行书信往来，要求各国外交人员到天津“暂避”，回答公使们提出的关于安全问题的疑问，向公使们介绍中国计划采取的保护措施，保证“万无一失”，等等。除此外，奕劻没有其他的作为，也难有其他作为。

　　1900年8月4日，八国联军分两路自天津进犯北京。8月15日清晨，慈禧带着光绪及大阿哥溥儁等仓皇出逃。留京办事大臣昆岗等见“各公使寻觅庆邸甚急，意在出而议款，甚至至邸宅探寻多次”，奏请“饬令庆邸回京议约，便宜行事，与各国公使浃洽。”8月23日，昆岗等又上了一个奏折，转达总税务司赫德的话：“各国素与庆亲王奕劻办事多年，最为信服……必须三日内请庆王迅速会晤，以安宗社而救百姓。”昆岗解释，这是因为“庆王爷在总署办事多年，谨慎和平，为各国所钦佩，是以各国均愿与庆王爷早日商议和局大事。”8月25日，李鸿章也上了一个奏折，声称“庆亲王、荣禄尤为各国所重，如已随扈西行，应请饬令星夜回京。”8月27日，赫德又致函总理衙门，要求奏请皇上速行简派庆亲王来京议和。就在当天，上谕命“病滞怀来行馆”的奕劻“即日驰回京城，便宜行事，毋庸再赴行在”。

　　9月3日，奕劻在英、日军队护送下回到北京。光绪二十七年（1901年）六月，改总理各国事务衙门为外务部，奕劻仍任总理部事。经过一系列交涉，1901年9月7日，奕劻代表清政府签订《辛丑条约》，为时正好一年。从和议开始到1901年2月底，奕劻等人主要与各国使节纠缠于所谓惩治“祸首”的问题，历时六个月之久，奕劻在“剿抚”政策上，和载漪等人尖锐对立，要不是处事圆滑，有可能弄到与被杀五大臣同样的地步。现在，作为全权代表，奕劻有清算顽固派的机会了。