本轮学科评估于2016年4月启动，上海高校总体取得不俗的成绩。复旦大学、上海交通大学、同济大学、华东师范大学4所985院校有多个学科获得A+。上海外国语大学、华东理工大学、东华大学、上海中医药大学、上海体育学院等院校的优势学科，也在评估中斩获A+。

　　清华大学和北京大学在学科评估中继续保持明显优势，清华以21个A+的一级学科领跑，浙江大学、人民大学、中科大分别以11个、9个、7个A+一级学科紧随其后。上海的高校中，复旦和交大各有5个学科获得A+，同济大学有4个学科获得A+。复旦获得A+的学科包括了哲学、理论经济学、政治学等；上海交大获得A+的学科则有机械工程、生物学等；上海中医药大学的中医学、中药学、中西医结合三个学科参评，均取得了A+的成绩。