美菲两国5500名官兵于5月5日开始年度大规模联合军事演练，演习计划进行2周。据称，此次联合军演将会锻炼菲律宾军队应对危机的能力，提高菲军反恐行动的效率以及与美军合作的协调性。在4月28日美菲两国签订新军事协议后，美军再次得以进入菲军事基地。菲国防部副部长巴迪诺称，菲律宾将向美国开放最多5个军事基地，供美国飞机、船舰及军队换防。另据菲军方消息人士称，美国还要求菲律宾开放三个曾经属于美国的基地以及位于马尼拉的菲律宾军方总部阿奎纳多营。