博物馆与纪念公园位于世贸中心双塔遗址，总耗资7亿美元，建造工程历时10多年。博物馆占地1万多平方米，最深处达地下21米，主体几乎都在地下，一直延伸到世贸中心的地基部分，那里有支撑原建筑的钢柱。
建造博物馆的7亿美元资金中，3.9亿来自于政府拨款。博物馆主席丹尼尔斯表示，预计博物馆每年的运营开支将在6500万美元左右，售价24美元的门票可带来部分收入，其余部分则将由筹款获得。不过，对于24美元的门票定价，不少遇难者家属都提出了强烈的质疑。一位失去儿子的遇难者家属说：“这么高的门票，会把许多原本想来这里参观的人拒之门外。”
而退休的前纽约消防员里奇斯则对博物馆专门开设纪念品商店大为不满，“我认为他们是在利用我死去的儿子来赚钱，这简直令人恶心。”
博物馆共有1万多件展品，讲述着2700多名遇难者的故事。其中包括2.3万张照片、500个小时的影像资料，另有1970份口述记录。展品中有遇难者手写的求救纸条，以及世界各地的人们回忆当年他们听到袭击消息时、或他们在现场直播的电视上看到恐怖景象时，正身在何处，展览的最后一部分是一部名为《基地组织的崛起》的电影。
