早在2008年江苏省就开始在太湖流域试点水环境区域补偿机制。试点多年来，水质状况不断改善，补偿金额逐年下降。据江苏省环保厅流域处处长程炜介绍，太湖流域的补偿金额2009年为2.4亿元，到2013年时已降至0.26亿元，断面水质监测状况也从最初的总体呈劣5类改善为现在基本在4-5类之间。
“试点中有地方反映，我们上游水质不达标，应该对下游进行补偿。但是，我们把从上游接来不达标的水治达标了送给下游，下游是否也应当给我们补偿呢？”程炜说，基于对这类呼声的考虑，江苏省政府经过认真调研，最终将“双向补偿”落实到《江苏省水环境区域补偿工作方案（试行）》之中，即：当补偿断面水质劣于水质目标时，由上游地区补偿下游地区；当补偿断面水质达到水质目标时，由下游地区补偿上游地区。如果断面不达标的水进入长江、太湖或大海等公共水域的，补偿资金则交给省财政。
据介绍，此次被纳入补偿范围的一共有66个区域补偿断面，断面覆盖江苏全省，包括太湖流域主要河流，淮河、南水北调、长江、通榆河干线，太湖入湖河流断面，重要出省断面和重要入海河流断面等。补偿费用“明码标价”，水质超标0.5倍及以下的，月补偿基数为25万元；水质超标0.5倍以上、1倍以下的，月补偿基数为50万元；水质超标1倍以上的，月补偿基数为100万元，并以此类推，污染越严重，补偿额越高。当补偿断面水质各指标达到水质目标，则由下游地区或省财政补偿上游地区，月补偿标准为20万元。所有补偿资金，不在城市之间直接交接，全部由江苏省财政流转。此外，新政还规定，66个补偿断面中，连续3年达到水质目标的，江苏省财政还将给予断面补偿责任地区100万元奖励资金。
