孙杨师徒关系的改善一方面归功于院方的从中斡旋。体职院党委书记刘军在接受采访时表示：“运动员和教练员之间有矛盾其实很正常，这几天我们分别在做两边工作。两人都很有个性，现在还没机会坐下来谈。”
此外，请来专家组为孙杨会诊，也是为了进一步消除师徒间的矛盾。据悉，朱志根、孙杨对训练发生分歧，有一部分就是对于训练是否会加重伤病看法不同——朱志根认为孙杨的身体并没有到了不适合训练的程度；而孙杨则认为继续按照原来的训练量，可能会加重自己的肩伤。知情人士透露，从伦敦奥运会回国之后，孙杨对自己的肩伤格外敏感。从专业的角度说，肩伤是游泳运动员的“职业病”。
