“末次资料”的专题内容极为丰富，除中日关系上的大事无一不包外，一些选题也极其具体细致，如：《招商局工作》《罢工问题》《治外法权问题》《鸦片》《排外与人民反基督教活动》《满洲驱逐朝鲜人事件》《通化大刀会暴动事件》《天灾与救济》《银问题》《中国黄河历代变迁史》等等。重要事件的资料最为全面，如《中日事变》（即《卢沟桥事变》）这个专题，年限为1937年6月至1940年7月共3年1个月，搜集的资料多达107辑，条目有21000多篇，3200多万字。日本的侵略进入高潮时，也正是它的情报机构加大马力的时候。

　　“末次研究所”关注的报纸包含了当时中国出版的和海外输入的绝大部分。“末次研究所”对资料的态度是，既有日本方面的宣传报道，也有世界各国及中国的立场和对策，绝不回避敌对观点报道。在中日战争中，既有日军谈判代表寺平大尉从宛平城墙吊下的照片，也有中国军队在龙王庙坚守的照片；既有“陇海线上南北的皇军历史性握手”的报道，也有“伪热河青龙县接收迁安县第四警官分所，强迫警官穿着伪警制服，警官刘振楼痛哭不从，被押去服役”这样中国男儿动人的场面……有些史料今天看来弥足珍贵。

　　1949年8月14日，吴石接到“总统府侍从室”从台湾发来赴台的电谕。行前，他召其亲信部下到家中，语重心长地说：“南运的绝密资料关系重大，应妥善保管，不得有任何闪失，就留待福州解放时呈献人民解放军。”福州刚一解放，亲信部下柯玉锜、郑葆生、王强3人遵照老长官临行前的嘱咐，与黄觉民一起，自动列册将南运的绝密资料呈献福州市军管会，了却老长官的心愿，自己也从此走上新生的道路。

　　1949年8月16日吴石乘机离榕飞赴台湾。别了，福州！吴石这一去再没有归来。8月16日，离福州解放仅差一日。

　　1949年8月16日清晨，吴石携家眷乘军用飞机在福州上空盘旋，而后往东南方向离去。他面对逐渐渺远的福州市景，深深沉陷在告别家园的复杂情绪中，心中默念：福州，我不久就会回来！在他心里越来越明确的判断——台湾的解放只是时间的问题。而此时，他的挚友何遂根据组织的安排已在台湾执行任务，等待与他会合，谋划策应中国人民解放军南下大军，实施重要军情、阵前起义等要事。

　　而他另一位挚友刘斐和袍泽黄绍竑已在北上的路上，走在通往迎接新中国的路上。之前，刘斐做了一件惊天动地的事情：在香港，他联合44位国民党知名人士策动了名噪一时的“香港起义”，发表《我们对于现阶段中国革命的认识与主张》的声明，宣布同国民党政府公开决裂。过不久，中共华东局驻港负责人、也是后来成为吴石的直接领导人万景光，受中共中央的委托，安排刘斐等爱国人士北上，参加中国人民政治协商会议。为防国民党特务破坏、阻挠，万景光为他们安排“海上秘密交通线”。刘斐、黄绍竑登上一只小汽艇，悄然驶到香港禁海，然后再转到一艘载重1000多吨、挂着葡萄牙国旗的轮船上。原来这是一种掩护的办法——因为它在海关注册是开往汉城的，所以现在就向汉城北驶，但开到山东半岛外，便向西入青岛停泊了。他们在青岛登陆，旋即改乘火车到济南，转北平。一路上，刘斐、黄绍竑兴致勃勃。在船上，他们凭栏远眺，只见海天辽阔，波影粼粼，那月光如水、水如天的情景，真使他们心胸坦荡，明月入怀！刘斐情不自禁，忽然顺口吟道：“月下飞天镜，云生结海楼。”黄绍竑也随之吟道：“大海从鱼跃，长空任鸟飞。”还填了一首叫《木兰花》的词，其末尾两句：“海天明月最关情，深夜照人明里云。”其喜悦心情溢于言表。与他们的轻松、欢愉相比，吴石则进入危机四伏的台湾，正执行特殊的使命——配合中国共产党地下组织做解放台湾的准备工作，艰难而危险。

　　从1949年8月16日赴台，到1950年3月1日被捕，到6月10日殉难。吴石在台湾的潜伏生涯一共有10个月的时间，这是吴石生命中最后的10个月，也是壮怀激烈的10个月。