秦淮河航道是江苏省“两纵四横”干线航道网的组成部分，也是沟通长江黄金水道和芜申线长三角高等级航道的重要联络线。秦淮河航道工程，按四级标准整治航道里程合计97公里，上游起自芜申运河，自南向北依次流经高淳、溧水、江宁、雨花、建邺五区，至秦淮河船闸入江。整治后的秦淮河最小水深2.5米，最宽不小于40米，净空7米，设计最大船舶500吨级，不仅可以成为一条重要的内河运输航道，也可以成为南京城的一道风景线。