吉祥航空以上海为主运营基地和维修基地，以上海虹桥国际机场和浦东国际机场为飞行基地，现已开通80余条国内航线、港澳台地区航线以及东南亚、东北亚国际航线。目前，吉祥航空的机队为清一色的空客A320机型。单一机型有利于航空公司控制成本，但由于A320飞机座位数一般在200个以下、航程为5小时左右，因此不适合执飞长距离的国际航线，也因此，吉祥航空的航线目前最远也就飞到东南亚、东北亚。吉祥与波音完成5架787-9梦想飞机订单，就是为吉祥开辟长距离国际航线做准备。吉祥航空董事长王均金表示，计划于2020年前开通衔接北美、欧洲、澳洲等国际主要城市的航线。