人事编制制度
全员聘用
港大深圳医院实行全员聘用制度，自主招聘和解聘工作人员，对医务人员实行合同制管理，3年一签，医务人员只进不出的“铁饭碗”被打破了。要保饭碗，必须努力提高医术，必须有良好的医德。
工资分配制度
岗位绩效工资
医生工资分两部分：基本工资和绩效工资。绩效工资的高低主要看医生的医疗质量，与开多少药，做多少检查完全无关。每个专业都有一套专门的薪酬评估体系，标准有医生看病时的服务质量，手术有多少并发症，有没有投诉，患者满不满意，合作团队的医护人员满不满意等。医生薪酬里每月还将按比例扣除一部分作为约满酬金。合同期满，考核满意，就可一次性获得约满酬金。
高薪养廉
对红包、回扣零容忍
医院开出比深圳其他同级公立医院高的薪酬，但对红包、回扣等医生的“灰色收入”，采取零容忍的态度。这一点写入合同，有任何廉洁上的问题，将立刻开除。
收费制度
杜绝大药方和多开药
130元的全科门诊打包收费，可切断医院、医生收入与药品、检查直接挂钩的利益链条，从制度上杜绝了医院、医生为了赚钱而乱开药、多做检查的现象。患者事先也清楚知道此次看病要用多少钱，有助于医患间的互信。
第三方处理医疗纠纷
避免医闹
要求医生详细告知治疗方案的利弊，由患者来选择。发生医疗纠纷时，有调解员介入。设置了“病人关系科”，解决患者提出的建议和意见。港大深圳医院还引入香港医院的管理机制，为所有医生购买执业责任保险，引入第三方来中立处理医疗纠纷，避免将医患双方直接推向对立面。
