管理方面，医院实行董事会领导的院长负责制，设立董事会、医院团队和监事会，董事会负责行使医院重大事项决策权、医院管理团队负责运营管理。医院产权归深圳所有，管理及决策团队由深港双方共同组建。

　　港大深圳医院引入了香港公立医院门诊打包收费的模式，实行全科门诊打包成130元全科门诊收费。

　　全科门诊打包收费项目涵盖门诊挂号费、诊金、基本检查、非严重伤口处理费及7天内基本药品费等。而基本检查包括X光拍片、血常规等检查，但不包括CT、核磁共振等大型设备检查。据悉，这个费用是参考深圳3家三甲医院的门诊基础数据，包括挂号费、诊金、血尿便肝肾功常规检验、X光拍片、抽血费、医疗耗材、小换药及600种标准药物等模拟测算得出。