马英九在上月获选连任台湾当局领导人后，对台湾行政机构进行了局部改组。陈冲6日在交接仪式上表示，选举的结束是责任的开始，现在是开始做事的时候了。台湾应在安定的基础上，创建“繁荣、共享、永续”的成长。
他说，台湾需要新一波的经济转型，强调科技创新、文化创意和研发能量，发展“可输出的服务业”。同时，应该重视分配的合理化、税制的改革和社会福利，尽量提高中产阶级和底层民众的收入。
就职后，陈冲主持展开新行政机构团队首次会议，要求各部门实现“无缝接轨”，并加强横向联系。
新、旧任国民党秘书长、台湾当局领导人幕僚长同日也进行了交接。
